眼見京城被自己牢牢把控，桓玄開始“快意恩仇”，舉起清算的屠刀。
首先要殺的當(dāng)然是司馬道子父子，司馬元顯的罪狀很好羅列，“驕奢狂縱，殘害忠良，任用奸邪”等等，與其六子被判棄市。
倒是會稽王司馬道子的罪名難安，桓玄記恨當(dāng)年之仇，以“貪婪驕恣、寵昵群小、酗酒、縱子不孝”等罪名上疏，建議將司馬道子棄市。
司馬道子與京中門閥交情深厚，常常在一起宴飲悠游談玄，京中士族都以為處罰太重，朝議時否決了桓玄的建議。
桓玄初掌建康，亦不敢太過違逆門閥的意愿，畢竟朝堂上的眾人彼此之間非親即故。
互相妥協(xié)，最后以天子名義下詔，流放司馬道子江州安成郡。
說來可悲，司馬道子身為會稽王，曾任太傅、丞相、司徒、揚州刺史等要職，主政多年，被押送至延尉時，滿朝文武居然無一人相送。
守孝在家的王珣之子王珣，特來道旁相拜、攀車涕泣，算是還了當(dāng)年屢次征召的情份。
處理完司馬道子和司馬元顯，剩下的小角色很快就被決定了命運。
司馬元顯的心腹張法順、太傅參軍荀遜、庾楷庾鴻父子、吏部郎袁遵、譙王司馬道子一同棄市。
讓人沒想到的是桓玄居然把冠軍將軍毛泰、游擊將軍毛遂也歸在棄市之列，毛泰在抓拿司馬元顯時痛毆了他一頓，一是解解心中怨氣，二是向桓玄表明自己與司馬元顯誓不兩立，結(jié)果弄巧成拙，自己與兄弟也成了陪斬之人。
司馬元顯的兩大心腹，張法順和王誕，桓玄當(dāng)然不肯放過王誕。右將軍桓修為舅舅求情，桓玄看在自家堂兄的面子上沒有殺王誕，將其流放廣州嶺南。
被判流放的還有丹陽尹司馬恢之、廣晉伯司馬允之，太傅主簿毛遁等人，京城一片血雨腥風(fēng)。
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