天子下詔，以平定司馬元顯之功封桓玄為豫章公，又以平定殷仲堪、楊佺期有功加封桓玄桂陽公，原本的南郡公依舊保持?；感⒃フ鹿D給兒子桓升，桂陽公讓給桓偉之子桓俊。
八月，孫無終于山陽擊敗劉軌、司馬休之、高雅之等人的聯(lián)軍，劉軌等人逃走，逃至陳留時眾人商議投奔何處。
起初，眾人有意投奔北魏，后聽聞崔逞被殺之事，覺得魏主不能優(yōu)待士族，決意另投他處。
劉敬宣提議投奔雍州楊安玄，劉軌稱楊安玄與桓玄勢不兩立，桓玄隨時可能興軍討伐雍州，以雍州之力難以抗抵。
最終，劉軌、司馬休之、高雅之、劉敬宣等人決定投奔南燕，而袁虔之、劉壽、高長慶、郭恭等北府將領則投奔后秦。眾人相約將來若能得勢，定率軍南伐雪恥。
劉軌等人雖然敗逃，桓玄感覺北府軍終究是個心病。普通兵丁聽從將領指揮，要想將北府軍掌握在自己手中，但要除去北府舊將。
于是，桓玄以私通劉軌等人罪名誅殺吳興太守高素、輔國將軍竺謙之，高平相竺良之、輔國將軍劉襲及其弟彭城人史劉季武等人。
建康士族對桓玄殺死北府舊將的反應平淡，自王恭興軍始，北府軍就被建康士族視為麻煩。
得知桓玄對北府軍將領舉起屠刀，江都長張誕等人紛紛棄官叛逃，丁全、黃喜四處找尋北府逃將，張誕等人有不少投入到雍州軍中，充實了雍州的軍事、民政力量。
擊敗盧循后，劉?；氐骄┛?，他是被右將軍桓修征召為撫軍中兵參軍。對于桓玄誅殺北府舊將，劉裕不敢做聲，暗自神傷。劉牢之死后，北府軍有如一盤散沙，如何對抗桓玄。
未被誅殺的北府舊人個個惶恐不安，暗中找到劉裕商議。何無忌是劉牢之的外甥，劉牢之身死之后被桓玄禁錮，閑居家中；孟昶，鎮(zhèn)北府主簿，罷黜在家。
劉裕讓眾人暫且隱忍，找尋門路再起，等待時機。隨著北府舊將或死或走，劉裕無形中成為了北府軍新一代的領軍人物。
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